Naturalista suíço nascido em Ennetbuhl, distrito de Toggenburg Superior na Cantão de St. Gall na Suiça, cujos estudos a fauna brasileira atraíram a atenção de todo o mundo. Descendente de família da antiga nobreza germânica, era filho único de Johannes Göldi e de Margaretha Kunt, exerceu desde muito cedo a função de professor assistente na cidade de Neuveville. Formou-se em zoologia no país natal, onde defendeu tese sobre osteologia e anatomia dos peixes. Desejando adquirir mais conhecimentos e ao mesmo tempo aprender o italiano, radicou-se em Nápoles (1880), freqüentando a Universidade e o Instituto Dorhn de Pesquisas Marinhas. Foi concluir seus estudos na Universidade de Jena e Leipizig, Alemanha (1882) onde teve oportunidade de servir como assistente o célebre zoólogo e evolucionista Ernst Haeckel. Defendeu o seu doutorado (1883) e continuou em Jena trabalhando e estudando a fauna da América do Sul. No ano seguinte (1884) recebeu um convite do Imperador Pedro II, e veio ao Brasil movido pelo seu interesse científico, para ocupar o cargo de subdiretor da seção de zoologia do Museu Nacional do Rio de Janeiro (1885-1890). Casou-se (1889) com Adelina Meyer, no Rio de Janeiro, com quem teve sete filhos. Depois (1890-1894) morou na Colônia Alpina da Serra dos Órgãos, em Teresópolis, Estado do Rio de Janeiro, onde concluiu as obras Os mamíferos do Brasil (1893) e As aves do Brasil (1894). Foi contratado (1891) para reorganizar o Museu Paraense, em Belém do Pará, e novamente de mudança (1894), passou a dirigir o Museu Paraense (1895). O museu passou por uma reforma total, onde foram criadas diversas seções científicas, sendo este patrimônio considerado um dos maiores parques zoobotânicos do mundo. Escreveu nesse período numerosos trabalhos de zoologia sistemática, biologia e zoogeografia, que condensavam seus estudos sobre a fauna da região amazônica. Contratou especialistas estrangeiros como Jacques Hüber, Emilie Snethlage e Adolpho Duke, que deram projeção científica internacional ao museu, que hoje chama-se Museu Paraense Emílio Goeldi. Aposentado voltou para a Suíça (1907) e faleceu em Berna. Hoje, em sua homenagem o Museu Paraense é denominado Museu Paraense Emilio Goeldi. Era pai do artista brasileiro nascido na cidade do Rio de Janeiro, antigo Distrito Federal, Osvaldo Goeldi. e dos seus sete filhos somente dois se casaram, porém somente Edgar Goeldi, seu filho mais novo e único suíço é que lhe deu descendência.